Golongan Miafisitisme percaya Theodora mempunyai pengaruh yang kuat terhadap Justinianus. Selepas kematian Justinianus, dia berusaha untuk mendamaikan mazhab Miafisitisme dan Khalsedon di dalam empayar. Beliau juga menepati janjinya kepada Theodora untuk melindungi komuniti pelarian Miafisitisme di Istana Hormisdas. Pengikut Miafisitisme yang percaya memori Theodora menggerakkan beliau untuk berbuat demikian.Theodora juga menyokong kerajaan Yakob Baradaios dan mereka bersahabat. Menurut Diehl, kewujudan mazhab Kristian Yakob hari ini diperoleh melalui jasa Baradaios dan Theodora.[54]

Bandar Olbia di Cyrenaica telah ditukar nama kepada Theodorias sempena Theodora. (Bandar-bandar kuno sering kali mengambil nama seorang raja atau ratu sebagai ingatan.) Bandar ini yang kini digelar Qasr Libya terkenal dengan mozek-mozek indah dari abad keenam.

Theodora dan Justinianus digambarkan pada mozek-mozek yang masih ada hingga hari ini di Basilika San Vitale di Ravenna, Itali. Mozek-mozek ini disiapkan setahun sebelum Theodora mangkat pada tahun 547, semasa Byzantium berjaya menawan semula kota itu. Theodora digambarkan dengan persalinan diraja, dengan batu permata yang sesuai untuk seorang maharani. Jubahnya ditenun dengan gambar tiga orang raja yang membawakan hadiah kepada Kristus anak, sebagai simbol dedikasi dia bersama Justinianus dalam memberikan sumbangan kepada gereja. Dalam potret yang ada, Theodora juga digambarkan memegang cawan yang digunakan dalam perjamuan suci. Selain tema keagamaan dalam mozek ini, terdapat juga mozek lain yang menunjukkan pertemuan Theodora dan Justinianus menghadap raja bangsa Goth dan Vandal yang ditawan dalam perang, dikelilingi Senat Rom yang bersorak. Mozek awam yang hebat ini meraikan kedua-dua maharaja dan maharani bukan sahaja atas kemenangan mereka tetapi juga kemurahan hati mereka.[55]